独立核算是指对本单位的业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算。特点是：有独立的组织形式，有独立的资金来源，有独立的收款账户；能独立进行经营活动，能独立订立经济合同，能独立计算盈亏，独立设置会计机构并配备会计人员。
非独立核算又称报账制，是把本单位的业务经营活动有关的日常业务资料，逐日或定期报送上级单位，由上级单位进行核算。特点是：一般由上级拔给一定数额的周转金，从事业务活动，一切收入全面上缴，所有支出向上级报销，本身不单独计算盈亏，只记录和计算几个主要指标，进行简易核算。
所以，独立核算和非独立核算只是企业会计核算的两种组织方式。分公司无论怎么核算，都是要汇总缴纳企业所得税的。而实务操作中，很多人以为独立核算则无需汇总缴纳企业所得税，进而没有及时向税务机关提供其二级及以下分支机构身份的相关证明资料及所得税分配表，于是被税局视为独立纳税人，独立缴纳了企业所得税。
居民企业在中国境内跨地区设立不具有法人资格的营业机构的，应汇总计算并缴纳企业所得税。
《企业所得税法》第五十条、国家税务总局公告2012年第57号第二条；以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供本办法第二十三条规定相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行本办法的相关规定。