软件企业专项审计，是指指依据软件企业认定办法的相关规定，对拟认定企业上一年度和当年度(实际年限不足一年的按实际月份)财务报表(含资产负债表、损益表、现金流量表)以及软件产品开发销售(营业)收入、企业软件产品自主开发销售(营业)收入、企业研究开发费用情况进行审计。出具软件企业专项审计报告。 该报告主要用于企业申办软件企业或软件企业年审使用。提供给科委、财政、税务、工商单位及管理层和董事会等相关部门。
软件企业专项审计流程
软件企业专项审计工作从业务承接到完成通常要经过以下步骤：
1、会计师事务所和软件企业专项审计单位进行初步沟通了解，确定软件企业专项审计目的、审计范围、审计收费等;并签订业务约定书;
2、会计师事务所安排项目组，下发委托方软件企业专项审计准备的资料清单;
3、被审软件企业单位按照资料清单准备相关审计资料，并确定现场审计时间。
4、现场审计阶段;
5、审计情况汇总和形成审计报告初稿;
6、与被审软件企业单位交换意见;
7、出具正式审计报告。
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